일본열도는 태평양 플레이트, 북미 플레이트(오호츠크 플레이트라는 설도 있음),필리핀해 플레이트, 아무르 플레이트, 남해마이크로 플레이트 등 5개 플레이트 위에 놓여져 있다고 한다. 이들이 서로 충돌하거나 가라앉거나 하기 때문에 일본은 세계적인 지진화산국가로 알려진 것이다. 일본열도의 거의 중앙부에 위치해 있는 후지산은 그 중에 3개의 플레이트가 서로 교차하는 거의 정중앙에 위치해 있어 대규모의 분화를 매번 반복해 오고 있다.

 현재 후지산은 2개의 오래된 화산 위에 만들어졌다. 지금으로부터 만여 년 전, 표고 3,000ｍ급의 「고 후지화산 」이 대량의 용암을 사방에 분출하기 시작했고, 이후 수천 년 동안에 걸쳐 고 후지화산과 바로 북동에 맞닿아 있는 또 다른 옛 화산 「고미타케카잔 」이 합쳐지면서 지금의 후지산의 원형이 탄생한 것으로 알려진다. 그 후에도 계속되던 분화가 아름다운 원추형인 지금의 산 모양을 완성시켰다는 것이다.
후지산의 분화활동은 이후에도 쉬지 않고 이어져 9세기로부터 11 세기까지 300여년간은 후지산이 가장 활발하게 활동하던 시대로 기록되었다. 그 중에서 864년 북서사 면에서 분화한 「죠간 대분화 」는 유사 이래 최대의 용암분출을 일으켰다.이 분화로 인해 북쪽의 산기슭 지형이 일변해 광대한 아오키가하라와 새로운 호수를 만들었다.

12세기 이후 대분화는 잠시 사라졌다. 그러나 15세기 중반경부터 다시 활발한 활동기로 들어가 1707년에는 「호에이 대분화 」가 발생해 남동쪽 사면에 ３개의 분화구가 생기는 대폭발이 된 이 분화는 산기슭의 마을들과 논밭에 큰 피해를 가져왔을 뿐만 아니라, 동쪽으로 100km정도 떨어진 대도시 (현재의 도쿄)에도 많은 양의 화산재를 뿌렸다.
이후 후지산은 300년 정도 침묵을 지키고 있다. 그러나 화산폭발의 탄생에서 휴지까지 10만년 단 위의 시간이 걸린다는 화산은, 300년이라고 하는 시간도 한 순간이라 언제 또다시 분화한다 해도 이상하지 않다. 후지산은 아직도 분명히 살아있는 화산이다.

2000년말, 후지산 근처에서 지하 마그마의 움직임을 알리는 저주파 지진이 급증했다. 후지산이 지금도 활동을 계속하고 있다는 것이다. 사태를 심각히 여긴 일본정부와 후지산 주변 자치단체는 다음해인 2001 년 화산학자들에게 후지산 분화시의 재해를 가정한 「재해예측지도 」의 작성을 의뢰했다.

 그 결과, 지금 만약 「호에이대분화 」와 같은 규모의 분화가 일어난다면 최악의 경우, 용암은 일본경제의 대동맥인 토메이고속도로와 토카이도신칸센을 한 순간에 끊어버리고, 화산재는 도쿄를 중심으로 한 수도권 일대에 광범위하게 쏟아져 내린다는 결론을 내렸다. 그리고 그 피해총액은 2조 5천억엔에 달할 가능성이 있다고 한다.

 이 때문에 정부와 지방자치단체는 피난계획 작성과 방재훈련에 착수했다. 또한 화산연구기관은 후지산의 관측체제를 강화해, 이때까지 개별적으로 다루던 관측데이터를 기상청 화산감시정보센터로 집약, 일괄하기로 했다. 이처럼 일본은 조기에 후지산분화를 예측하는 체제를 갖추고 있는 중이다.